La primera notícia escrita del poble la trobem a l’alta edat mitjana, l’any 844. En aquell temps, Sant Joan de Mollet estava sota la jurisdicció del bisbat de Girona. A partir d’aquesta data, ja apareix regularment informació sobre el poble.
Pel que fa a la demografia de Sant Joan, la primera dada de població no la trobarem fins al segle XIV, es compten 29 focs a Mollet, uns 150 habitants. Dues centúries més tard, el segle XVI, la població no va créixer sinó que va minvar sensiblement per les malalties i males collites.
Al segle XVI i en endavant, Sant Joan de Mollet va ser jurisdicció reial. Els documents ens parlen d’una població eminentment per pagesos i artesans, en el marc d’una economia de subsistència.
Durant la centúria del set-cents i seguint la tendència de tota Catalunya, hi ha un tímid creixement econòmic que impulsarà el demogràfic i l’urbanístic.
És durant el segle XVIII que té lloc una obra hidràulica d’importància. Es tracta de l’obertura de la séquia Vinyals, gràcies a un privilegi reial concedit amb la família Vinyals de Flaçà l’any 1788, que els atorgava el dret d’ús d’aigua del Ter per al rec de les terres de Bordils, Celrà, Juià, Flaçà i Sant Joan de Mollet; malgrat que fins al 1932 no es concediria el dret de derivació de la séquia fins al pla de Mollet i Flaçà.
Cap al 1920 Sant Joan havia augmentat el seu urbanisme, disposava de 96 edificis i 88 dels seus habitants sabien llegir i escriure, ja que anaven a l’escola del poble veí de Flaçà.
El cruel episodi de la Guerra Civil va significar per a Sant Joan de Mollet el canvi de nom, tot passant a denominar-se Mollet de Ter.
El franquisme portaria, entre altres coses, la coneguda repressió política i les cartilles de racionament, iniciant-se un període de carestia que s’allargaria fins a finals de la dècada del 1950. Cal dir que Sant Joan de Mollet fou un dels pocs pobles gironins que no tingués cap veí afiliat a la Falange Española en la primera dècada del franquisme.
A partir d’aquell moment és quan s’inicia una tímida expansió econòmica basada en l’agricultura.
El segle XX ha estat testimoni de millores que han fet la vida domèstica més còmoda i fàcil, la qualitat de vida de la gent de Mollet ha millorat radicalment gràcies a serveis com el telèfon, la llum o l’aigua corrent.
Durant els últims anys setanta i aquests primers vuitanta del segle XX que es començaren a asfaltar els carrers i s’endegaren altres obres de millora dels serveis com ara el cementiri municipal.
A l’entrada del segle XXI, el recurs econòmic principal de la gent de Mollet continua essent la terra.